2005年底，李昆從南方航空公司調任深圳航空公司，擔任深航董事會副董事長、總裁。兩年來，李昆和他的經營團隊創(chuàng)造了驚人的戰(zhàn)果：2006年、2007年深航的盈利總額超過了過去12年盈利的總和。整個企業(yè)集團銷售額跨越100億元門檻，成長為中國最大的五家航空公司之一。有人說，改革開放創(chuàng)下的“深圳速度”再一次在物流業(yè)中得以見證。
實際上，李昆上任以來攪動中國民航格局的“大手筆”令業(yè)界驚嘆：以紅底金徽“民族之鵬”向世人昭示其遠大抱負和追求，以各個城市命名的新客機成為深航最佳的“形象大使”；收購控股常州機場，成立常州、沈陽及鄭州分公司，與世界貨航巨頭漢莎航空合資成立并控股的國內首家中外合資航空貨運公司——翡翠航空。此外，攜手香港亞洲公務航空有限公司、國民信托投資有限公司共同組建了亞聯(lián)公務機管理公司，一舉填平中國民航沒有專業(yè)公務機管理公司的空白，并以“羅盤管理”開創(chuàng)企業(yè)管理先河。
從2005年11月深航完成股權轉讓成為國內最大的民營控股航空公司，到2007年初提出了“創(chuàng)建深航羅盤管理模式，打造五星級航空企業(yè)，做特色航空領跑者”的新目標，李昆和深航的“翅膀”一直沒有停下來，他用行動延續(xù)著深圳的創(chuàng)新精神。