報(bào)關(guān)工作的全部程序分為申報(bào)、查驗(yàn)、放行三個階段。
（一）進(jìn)出口貨物的申報(bào)
進(jìn)出口貨物的收、發(fā)貨人或者他們的代理人，在貨物進(jìn)出口時，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的期限內(nèi)，按海關(guān)規(guī)定的格式填寫進(jìn)出口貨物報(bào)關(guān)單，隨附有關(guān)的貨運(yùn)、商業(yè)單據(jù)，同時提供批準(zhǔn)貨物進(jìn)出口的證件，向海關(guān)申報(bào)。報(bào)關(guān)的主要單證有以下幾種：
進(jìn)口貨物報(bào)關(guān)單
一般填寫一式二份（有的海關(guān)要求報(bào)關(guān)單份數(shù)為三份）。報(bào)關(guān)單填報(bào)項(xiàng)目要準(zhǔn)確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆；報(bào)關(guān)單內(nèi)各欄目，凡海關(guān)規(guī)定有統(tǒng)計(jì)代號的，以及稅則號列及稅率一項(xiàng)，由報(bào)關(guān)員用紅筆填寫；每份報(bào)關(guān)單限填報(bào)四項(xiàng)貨物；如發(fā)現(xiàn)情況有無或其他情況需變更填報(bào)內(nèi)容的，應(yīng)主動、及時向海關(guān)遞交更改單。
出口貨物報(bào)關(guān)單
一般填寫一式兩份（有的海關(guān)要求三份）。填單要求與進(jìn)口貨物報(bào)關(guān)單基本相同。如因填報(bào)有誤或需變更填報(bào)內(nèi)容而未主動、及時更改的，出口報(bào)關(guān)后發(fā)生退關(guān)情況，報(bào)關(guān)單位應(yīng)在三天內(nèi)向海關(guān)辦理更正手續(xù)。
隨報(bào)關(guān)單交驗(yàn)的貨運(yùn)、商業(yè)單據(jù)
任何進(jìn)出口貨物通過海關(guān)，都必須在向海關(guān)遞交以填好的報(bào)關(guān)單的同時，交驗(yàn)有關(guān)的貨運(yùn)和商業(yè)單據(jù)，接受海關(guān)審核諸種單證是否一致，并由海關(guān)審核后加蓋印章，作為提取或發(fā)運(yùn)貨物的憑證。隨報(bào)關(guān)單同時交驗(yàn)的貨運(yùn)和商業(yè)單據(jù)有：海運(yùn)進(jìn)口提貨單；海運(yùn)出口裝貨單（需報(bào)關(guān)單位蓋章）；陸、空運(yùn)運(yùn)單；貨物的發(fā)票（其份數(shù)比報(bào)關(guān)單少一份，需報(bào)關(guān)單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數(shù)與發(fā)票相等，需報(bào)關(guān)單位蓋章）等。需要說明的是如海關(guān)認(rèn)為必要，報(bào)關(guān)單位還應(yīng)交驗(yàn)貿(mào)易合同、定貨卡片、產(chǎn)地證明等。另外，按規(guī)定享受減、免稅或免驗(yàn)的貨物，應(yīng)在向海關(guān)申請并已辦妥手續(xù)后，隨報(bào)關(guān)單交驗(yàn)有關(guān)證明文件。
進(jìn)（出）口貨物許可證
進(jìn)出口貨物許可證制度，是對進(jìn)出口貿(mào)易進(jìn)行管理的一種行政保護(hù)手段。我國與世界上大多數(shù)國家一樣，也采用這一制度對進(jìn)出口貨物、物品實(shí)行全面管理。必須向海關(guān)交驗(yàn)進(jìn)出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調(diào)整公布。凡按國家規(guī)定應(yīng)申領(lǐng)進(jìn)出口貨物許可證的商品，報(bào)關(guān)時都必須交驗(yàn)由對外貿(mào)易管理部門簽發(fā)的進(jìn)出口貨物許可證，并經(jīng)海關(guān)查驗(yàn)合格無誤后始能放行。
但對外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易合作部所屬的進(jìn)出口公司、經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)經(jīng)營進(jìn)出口業(yè)務(wù)的個部位所屬的工貿(mào)公司、個�。ㄖ陛犑小⒆灾螀^(qū)）所屬的進(jìn)出口公司，在批準(zhǔn)的經(jīng)營范圍內(nèi)進(jìn)出口商品，視為以取得許可，免領(lǐng)進(jìn)出口貨物許可證，只憑報(bào)關(guān)單即可向海關(guān)申報(bào)；只有在經(jīng)營進(jìn)出口經(jīng)營范圍以外的商品時才需要交驗(yàn)許可證。
檢驗(yàn)檢疫制度：國家出入境檢驗(yàn)檢疫局與海關(guān)總署從2000年1月1日起實(shí)施新的檢驗(yàn)檢疫貨物通關(guān)制度，通關(guān)模式為“先報(bào)驗(yàn)，后報(bào)關(guān)”。同時出入境檢驗(yàn)檢疫部門將啟用新的印、證書。
新的檢驗(yàn)檢疫制度對原衛(wèi)檢局、動植物局、商檢局進(jìn)行“三檢合一”，全面推 行“一次報(bào)檢、一次取樣，一次檢驗(yàn)檢疫，一次衛(wèi)生除害處理，一次收費(fèi)，一次發(fā)證放行”的工作規(guī)程和“一口對外”的國際通用的新的檢驗(yàn)檢疫模式。而從2000年1月1日起，對實(shí)施進(jìn)出口檢疫的貨物啟用“入境貨物通關(guān)單”和“出境貨物通關(guān)單”，并在通關(guān)單上加蓋檢驗(yàn)檢疫專用章，對列入《出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)實(shí)施檢驗(yàn)檢疫的進(jìn)出口商品目錄》范圍內(nèi)的進(jìn)出口貨物（包括轉(zhuǎn)關(guān)運(yùn)輸貨物），海關(guān)一律憑貨物報(bào)關(guān)地出入境檢驗(yàn)檢疫局簽發(fā)的“入境貨物通關(guān)單”或“出境貨物通關(guān)單”驗(yàn)放，取消原“商檢、動植檢、衛(wèi)檢”以放行單、證書及在報(bào)關(guān)單上加蓋放行章通關(guān)的形式。同時，正式啟用出入境檢驗(yàn)檢疫證書，原來以“三檢”名義對外簽發(fā)的證書自2000年4月1日 起一律停止使用。
同時，從2000年起對外簽訂合同、信用證時都要按新制度辦事。
海關(guān)要求報(bào)關(guān)單位出具“入境貨物通關(guān)單”或“出境貨物通關(guān)單”，一方面是監(jiān)督法定檢驗(yàn)商品是否已經(jīng)接受法定的商檢機(jī)構(gòu)檢驗(yàn)；另一方面是取得進(jìn)出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。根據(jù)《中華人民共和國進(jìn)出口商品檢驗(yàn)法》以及《商檢機(jī)構(gòu)實(shí)施檢驗(yàn)的進(jìn)出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗(yàn)的進(jìn)出口商品，均應(yīng)在報(bào)關(guān)前向商品檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)報(bào)驗(yàn)。
報(bào)關(guān)時，對進(jìn)出口商品，海關(guān)憑商檢機(jī)構(gòu)簽發(fā)的“入境貨物通關(guān)單”和“出境貨物通關(guān)單”進(jìn)口貨物報(bào)關(guān)單上加蓋的印章驗(yàn)收。
除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進(jìn)出口管制貨物，報(bào)關(guān)單位也必須向海關(guān)提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進(jìn)出口貨物批準(zhǔn)單證，由海關(guān)查驗(yàn)合格無誤后再予以放行。
諸如藥品檢驗(yàn)，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進(jìn)出口射擊運(yùn)動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進(jìn)出口音像制品的管理等均屬此列。
（二）進(jìn)出口貨物的查驗(yàn)
進(jìn)出口貨物，除海關(guān)總署特準(zhǔn)查驗(yàn)的以外，都應(yīng)接受海關(guān)查驗(yàn)。查驗(yàn)的目的是核對報(bào)關(guān)單證所報(bào)內(nèi)容與實(shí)際到貨是否相符，有無錯報(bào)、漏報(bào)、瞞報(bào)、偽報(bào)等情況，審查貨物的進(jìn)出口是否合法。
海關(guān)查驗(yàn)貨物，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的時間和場所進(jìn)行。如有特殊理由，事先報(bào)經(jīng)海關(guān)同意，海關(guān)可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。申請人應(yīng)提供往返交通工具和住宿并支付費(fèi)用。
海關(guān)查驗(yàn)貨物時，要求貨物的收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關(guān)的要求負(fù)責(zé)辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗(yàn)貨物的包裝等工作。海關(guān)認(rèn)為必要時，可以徑行開驗(yàn)、復(fù)驗(yàn)或者提取貨樣、貨物保管人應(yīng)當(dāng)?shù)綀鲎鳛橐娮C人。
查驗(yàn)貨物時，由于海關(guān)關(guān)員責(zé)任造成被查貨物損壞的，海關(guān)應(yīng)按規(guī)定賠償當(dāng)事人的直接經(jīng)濟(jì)損失。賠償辦法：由海關(guān)關(guān)員如實(shí)填寫《中華人民共和國海關(guān)查驗(yàn)貨物，物品損壞報(bào)告書》一式兩份，查驗(yàn)關(guān)員和當(dāng)事人雙方簽字，各留一份。
雙方共同商定貨物的受損程度或修理費(fèi)用（必要時，可憑公證機(jī)構(gòu)出具的鑒定證明確定），以海關(guān)審定的完稅價格為基數(shù)，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關(guān)填發(fā)《中華人民共和國海關(guān)損壞貨物、物品賠償通知》，當(dāng)事人自收到《通知單》之日起，三個月內(nèi)憑單向海關(guān)領(lǐng)取賠款或?qū)€y行帳號通知海關(guān)劃撥，逾期海關(guān)不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
（三）進(jìn)出口貨物的放行
海關(guān)對進(jìn)出口貨物的報(bào)關(guān)，經(jīng)過審核報(bào)關(guān)單據(jù)、查驗(yàn)實(shí)際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費(fèi)手續(xù)或減免稅手續(xù)后，在有關(guān)單據(jù)上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運(yùn)貨物。此時，海關(guān)對進(jìn)出口貨物的監(jiān)管才算結(jié)束。
另外，進(jìn)出口貨物因各種原因需海關(guān)特殊處理的，可向海關(guān)申請擔(dān)保放行。海關(guān)對擔(dān)保的范圍和方式均有明確的規(guī)定。
